1999年10月纪检监察室与审计处合署办公，成立纪检监察审计办公室。2017年4月学校进行内部管理体制改革，成立纪检监察处，将原纪检监察审计办公室的纪检监察职能划归纪检监察处。2020年8月，根据《关于对省属本科高校纪检监察处更名事宜予以备案的函》(省编办函[2020] 23号)，纪检监察处更名为纪委办公室。根据《关于 深化黑龙江省纪委监委派驻机构改革的意见》(黑办发[2019] 24号)等文件精神，保留纪委，设立监察专员办公室，与纪委合署办公，机构设置为:纪委办公室、纪检监察一室、纪检监察二室、纪检监察三室。

纪委办公室，主要职责是负责校纪委（监察专员办）文字综合工作，筹备组织重要会议、活动，组织起草学校纪委有关文件文稿，督促检查有关工作部署的落实情况；负责组织纪检干部（包括学校纪委委员、基层组织纪检委员等）教育培训工作；负责组织协调党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉政文化建设工作；党支部工作；负责组织协调纪检监察有关工作及上级交办的其他工作等。纪检监察一室：主要职责是负责审理立案审查调查的违反党纪和职务违法案件，严格依规依纪依法提出处理或者处分意见；负责对监督检查、审查调查工作进行监督；承办党员对校纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对学校监察专员办作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件；负责加强和拓展政治监督工作；监督检查学校党委管理的党组织落实管党治党主体责任的情况，督促履行第一责任人职责和“一岗双责”职责，实施问责；巡视整改监督工作；负责上级交办的其他工作等。纪检监察二室，主要职责是负责受理对校党委管理的党组织和党员、干部以及监察对象涉嫌违纪或者职务违法、职务犯罪问题的信访举报；监督检查学校管理的党组织、党员和监察对象遵纪守法情况；做好问题线索分析研判，提出处置意见；开展谈话函询，承办涉嫌违纪或者职务违法问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议，对涉嫌职务犯罪的问题，按规定上报；进行统计分析；提出纪律检查建议或者监察建议。负责建立和管理学校党委管理的领导干部廉政档案；开展专项监督检查工作；负责作风建设相关工作；负责上级交办的其他工作等。纪检监察三室，主要职责是负责秦皇岛校区纪检监察具体工作。