1999年10月纪检监察室与审计处合署办公，成立纪检监察审计办公室。2017年4月学校进行内部管理体制改革，成立纪检监察处，将原纪检监察审计办公室的纪检监察职能划归纪检监察处。2020年8月，根据《关于对省属本科高校纪检监察处更名事宜予以备案的函》(省编办函[2020] 23号)，纪检监察处更名为纪委办公室。根据《关于 深化黑龙江省纪委监委派驻机构改革的意见》(黑办发[2019] 24号)等文件精神，保留纪委，设立监察专员办公室，与纪委合署办公，机构设置为:纪委办公室、纪检监察一室、纪检监察二室、纪检监察三室。